1948-ban a frissen berendezkedő kommunista karhatalom koholt vádak alapján letartóztatja. Hónapokon át kínozzák fizikai eszközökkel és pszichotróp szerekkel, hogy hamis vallomást csikarjanak ki belőle. A nemzetközi közfelháborodástól tartva a kommunisták nem merik kivégezni. (Egy nem kellőképpen alátámasztott anekdota szerint Franco tábornok megüzente Sztálinnak, hogy amennyiben kivégzik Mindszentyt, akkor ő is kivégzi a felügyelete alatt álló összes kommunista foglyot.)
1956-ban a népfelkelők kiszabadítják börtönéből, és ő történelmi jelentőségű beszédet mond, mely bejárja a világsajtót. A forradalom leverésekor az amerikai nagykövetségre menekül, ahol 15 évig tartózkodik, 1971-től haláláig pedig a bécsi Pázmáneumban él. 1975-ben temetik el Mariazell-ben. Hamvait 1991. május 4-én helyezték örök nyugalomra Esztergomban, a bazilika altemplomában.
A Terror Háza összeállítását a fenti videóban tekinthetik meg a hercegprímásról.