Amit a három pszichológus 1992-ként emleget, az egy hosszabb, 1979-1992 közti folyamat vége volt. Szent II. János Pál pápa részéről, aki több kijelentést is tett Galileire vonatkozóan. 1979. november 10-én Einsteinre emlékezve mondott beszédet a pápa, kifejezve sajnálatát amiatt, ahogy „az egyház emberei és szervezetei” kezelték Galileit, azt remélve, hogy „a teológusok, tudósok és történészek az őszinte együttműködés szellemétől lelkesítve mélyebben tanulmányozzák majd a Galilei-ügyet, és lojálisan felismerik a sérelmeket, bármilyen oldalról is érkezzenek”.
Ezután 1981-ben felállított egy bizottságot, hogy kivizsgálják a Galilei-ügyet. Majd 1983-ban is mondott egy beszédet, mivel ekkor volt Galilei inkvizíció által vizsgált Discorsi című művének kiadásának 350. évfordulója, s ebben nagyjából ugyanazokat a gondolatokat idézte fel, mint előző beszédében, méltatva Galileit. A bizottság 1992-ben fejezte be a munkát, a pápa azzal nyugtázta a dolgot, hogy a Galilei-ügy tanulság az egyház számára.
Galileit nem égette el az inkvizíció, valójában három év házi őrizetre és hét bűnbánati zsoltár heti egyszeri elmondására ítélték. A három évet először a toszkán hercegeknél, majd barátja és tanítványa, Ascanio Piccolomin sienai érsek vendégeként az érseki palotában, majd a Firenzéhez közeli Arcetri professzori kúriájában töltötte le, végig szabadon dolgozhatott és disputálhatott, a Mediciek havi nyugdíjából és a pápai állam által folyósított járadékból élt élete végéig. Nem fedezte fel, hogy a Föld gömbölyű, nem ő találta fel a teleszkópot, nem igazolta a heliocentrizmust, nem hallgattatták el a tudományellenesek, nem dobált le semmit a pisai ferdetoronyról és nem mondta, hogy „mégis mozog a föld”.
Miután Galilei 1633-ban Rómába utazott a perére, először a Medici-villában lakott, majd őrizetbe vették: ezután „börtöne” egy heliocentrizmus-párti kongregációs hivatalnok lakása volt, ahol öt szoba állt a rendelkezésére, saját szolgálókkal, ingyen ellátással.
Ami az egész ügyet illeti: valójában elsősorban nem a hit és tudomány közti ütközésről volt szó. Két természettudományos kozmológiai elmélet ütközött (az arisztotelészi-ptolemaioszi és a kopernikuszi), mely persze érintette a természettudomány és a teológia határterületeit is. Ez a vita egyházon belüli vita is volt, mely a domonkosok és jezsuiták harcában fejeződött ki. Galileivel többnyire a jezsuiták értettek egyet, s voltak magasrangú pártfogói, hiszen a heliocentrikus elképzelésnek voltak támogatói az egyházban.
1616-ban arra kérték Galileit, hogy elméletét hipotézisként tanítsa, amit 1632-ig be is tartott. Galileinek pártfogója vagy legalábbis jóakarója volt az inkvizíció egyik vezetője is, Bellarmini Szent Róbert jezsuita bíboros. Galilei tagja lett Rómában a Hiúzok Akadémiájának, „a világ első tudományos társaságának, ami a természetfilozófiának szentelte magát” (Spencer), és ami tele volt egyháziakkal. Méltatta őt V. Pál pápa is. A dominikánus Campanella atya, aki éppenséggel Kopernikusz híve volt (nem volt a domonkos rend sem teljesen egységes a kérdésben), 1616-ban írt egy levelet Galilei védelmében, igaz, csak 1622-ben publikálta.
Bellarmini látta a kopernikuszi rendszerben a potenciált, úgy tartotta, számos ponton jobban írja le a valóságot, mint Ptolemaioszé, de nem látta bizonyítva, ezért csak hipotézisként tekintett rá.