Értelmiségi mozgalomként indult
El-Benná és a Muszlim Testvériség későbbi vezetői így kerülték a konfliktust, általában nem kérdőjelezték meg az európai mintákat követő arab politikai rezsimek legitimitását. Az egyiptomi állammal való viszonyuk azonban hullámzó volt. A kapcsolatok megromlásáért sokat tett a vallási végzettséggel nem rendelkező, a Muszlim Testvériséghez kötődő közíró, Szajjid Kotb, aki 1948 és 1950 közötti amerikai tanulmányútja során a nyugati kultúra ádáz ellensége lett, majd hazatérvén összeütközésbe került Gemál Abden-Naszer elnökkel, ami miatt börtönbe vetették, majd kivégezték. Mivel életműve befejezetlen maradt, írásaiból könnyen kiolvasható a kormányokkal szembeni fegyveres harc legitimizálása.
A Muszlim Testvériség aktivistái jellemzően orvosok, ügyvédek és más értelmiségiek voltak, akik közhasznú és jótékony tevékenységükkel lassan, de biztosan hálózták be a társadalom leszakadó rétegeit. Noha követőik többsége elítéli az erőszakot, a mozgalom számos későbbi dzsihádista – köztük az al-Kaida-vezér Ajman az-Zavahari – öntudatra ébredéséhez jelentette az ugródeszkát. Mivel a 20. században Egyiptom az arab világ intellektuális központja volt, a Muszlim Testvériség gondolatai népszerűvé váltak, és a szervezet az egész régióra kiterjedő hálózatot hozott létre. Térnyerését segítette, hogy egységes ideológiája soha nem volt, így mindenhol a helyi viszonyokhoz alakították. Aktivistái között a szúfi hagyományok követőitől a funda-
mentalista szalafitákon át a liberálisokig számos irányzat képviselteti magát. Az erőszakhoz és az adott ország
kormányához való viszonya mindig azon múlt, hogy aktivistái mely társadalmi csoportból kerültek ki, és milyen közeget képviseltek. Szíriában az alavita elit által partvonalra szorított szunnitákból szerveződtek illegalitásban, Kuvaitban az emírrel együttműködő szunnita elit részeként a kormányba is betagozódtak, Tunéziában az Újjászületési Mozgalom (Harakatu an-Nahda) a parlamentáris rendszer része lett, Gázában az Iszlám Ellenállási Mozgalom (Hamasz) pedig egyik nézőpontból terrorszervezetként, másikból pedig felszabadítási mozgalomként szerveződött meg. Noha létezik egy laza kapcsolat a nemzeti csoportok között, decentralizáltan, egymástól függetlenül működnek.