„A pufajkásoktól történt leszerelése után, 1957. május elsején az újjászervezett Belügyminisztériumba került, ahol egy éven át a Politikai Nyomozó Osztály alosztályvezetőjeként tevékenykedett. A legfontosabb ügy, amelybe bevonták, minden bizonnyal a Nagy Imre és társai elleni, 1958. január végétől június közepéig tartó eljárás volt. Erről annyit lehet tudni, hogy a vádlottak kihallgatására szolgáló helyiségbe belépési engedéllyel rendelkezett, illetve társszerzőként ott szerepel a neve a bizonyára a perkoncepciót alátámasztó egyik keltezetlen dokumentumon (Nagy Imre szerepe és tevékenysége az [1956.] október 28-ai fordulat végrehajtása érdekében). Egy 1958 februárjában keletkezett dokumentumban azonban „vezénylését megszüntetni” rendelték, ami azt jelenti, hogy a tapasztalt vizsgálótiszt szervezeten belüli áthelyezésére (amely valószínűleg a Nagy Imre-üggyel állt összefüggésben) ekkor már nem volt szükség.
Ezt követően eddigi karrierje leghosszabb idejét egy másik (ún. »kutató«) alosztály élén töltötte, ahol közel két évet maradt (1958 májusától 1960 áprilisáig). Ezután a szervezet II/3. osztályán dolgozott T-állományú (azaz titkos, fedésben dolgozó) csoportvezetőként, majdnem két és fél éven át. 1960. november közepén rendőr alezredessé nevezték ki. Tíz éves szolgálatát az év során érdeméremmel jutalmazták.
A forradalom utáni megtorlás levezénylése és a Kádár-rendszer megszilárdulása okozta, hogy 1962. augusztus 15-én az állambiztonság addigi szervezetét a BM III. Főcsoportfőnökségévé szervezték át. Ez Kapitány karrierjének végét is jelentette: leszerelték és a polgári életben találtak számára állást, de nem tudjuk, hogy mit. Akár tudományos–kulturális, azon belül fordítói munkakörbe is áthelyezhették, hiszen 1958-ban az ELTE ÁJK levelező tagozatára, 1962-ben pedig a BM idegen nyelvi főiskolájára járt (jogi doktori fokozatot is szerzett). A szélnek eresztés azonban nála nem ment olyan zökkenőmentesen, mint sok egykori ávós esetében. 1962. augusztus 10-én a korábbi koncepciós perek felülvizsgálata során a Központi Ellenőrző Bizottság – Bauer Miklóssal és még három másik társával együtt – kizárta a pártból, bár 1956-ban ugyanez a szervezet a még ’55-ben kapott korábbi pártbüntetését (ami mindössze egy megrovás volt) törölte. Második alkalommal már nem bocsátották meg neki, hogy a Kádár-ügyben részt vett. Amelynek során egyébként azt a Losonczy Gézát hallgatta ki s íratott vele alá koncepciós jegyzőkönyvet, aki a Nagy Imre-per egyik vádlottja lett és 1957 végén az éhségsztrájkja megtörésére alkalmazott kényszertáplálásba halt bele.