Azonban gyorsan rá kellett jönniük, mennyire duplafenekű a Monroe-doktrína – az ekkor érdemleges haditengerészettel nem rendelkező Egyesült Államok ugyanis nem tudta azt betartatni, pláne nem a britekkel szemben. Így 1833-ban Nagy-Britannia minden gond nélkül magáénak nyilváníthatta a Falkland-szigeteket Argentína partjainál, s ugyanezen dél-amerikai országot Franciaország is tengeri blokád alá vehette. 1842-ben viszont
John Tyler elnök Hawaii amerikai megszállását a Monroe-elvvel indokolta – ez volt az első amerikai beavatkozás, melyre ez a doktrína szolgáltatta a jogalapot.
Az amerikai polgárháború alatt, az 1860-as években aztán majdnem kimúlt a doktrína, ugyanis az épp magával foglalkozó USA tehetetlenségét kihasználva III. Napóleon Franciaországa megszállta és bábállammá tette Mexikót, Spanyolország pedig újragyarmatosította Dominikát, illetve elfoglalta a Peruhoz közeli Chincha-szigeteket. De az USA magára talált, a Monroe-doktrína első két nyílt és súlyos megsértésének elrettentéssel véget vetett, s az 1900-as évek elején megszállta Haitit, a Dominikai Köztársaságot, Mexikót és Nicaraguát is, illetve rábírta Panamát a Panama-csatorna megépítésében való együttműködésre.
A 20. században aztán a Monroe-elv ráfordult alkalmazásának legellentmondásosabb időszakára. A hidegháborús Egyesült Államok nyíltan jellemzően nem mondta ugyan ki, hogy mikor Latin-Amerikában puccsolgat, akkor azt a Monroe-elv jogalapján teszi – de azért nem volt nehéz belelátni azt egy-egy erősebb államcsínybe, mint történt az Guatemalában, a Dominikai Köztársaságban, Brazíliában, a legsúlyosabb formákban pedig Nicaraguában és Chilében, valamint a kubai rakétaválság során.
Az Egyesült Államokat a hidegháború alatt folyamatosan vádolták azzal, hogy az antiimperialista szándékkal fogant, de imperialista természetűvé vált Monroe-doktrína szerint cselekszik. S bizonyos országokban ez a reflex máig megmaradt –
2018-ban Oroszország, 2019-ben Venezuela és Kuba vádolta meg a Donald Trump vezette Egyesült Államokat azzal, hogy sorozatos beavatkozásaikkal a Monroe-doktrínát valósítják meg.
Erre rájátszott John Bolton, Trump nemzetbiztonsági tanácsadóinak leghéjábbika, aki a venezuelai választási csalásokkal kapcsolatban világossá tette: „Ebben az adminisztrációban nem félünk használni a Monroe-doktrína szót”, hiszen „Ronald Reagan elnökig visszamenőleg az amerikai elnökök célja volt, hogy a félteke teljesen demokratikus legyen.”