Az orosz elnök a belügyminisztériumi dolgozók előtt elmondott moszkvai beszédében leszögezte: „Végre meg kell szabadítani Oroszországot a szégyentől és az olyan tragédiáktól, mint amilyent nemrégen éltünk át, például Borisz Nyemcovnak a főváros kellős közepén végrehajtott vakmerő meggyilkolására gondolok”. Az orosz ellenzéki politikust szombatra virradó éjjel lőtték le a Kreml lábánál húzódó Bolsoj Moszkvoreckij-hídon.
Putyin a gyilkosság éjjelén azonnal utasítást adott a belügyi és titkosszolgálati szervezetek vezetőinek, hogy személyesen irányítsák a gyilkosság felderítését. Az elnök a Borisz Nyemcov édesanyjának küldött részvéttáviratban ígéretet tett arra, az orosz hatalom mindent megtesz annak érdekében, hogy az „aljas és cinikus gyilkosság” szervezői és végrehajtói „megkapják megszolgált büntetésüket”. Az orosz ellenzék politikai megrendelést, a hatalom, a belpolitikai helyzet megingatására irányuló szándékot látja a Borisz Jelcin elnöksége idején miniszterelnök-helyettesi posztot betöltő, azt követően pedig Putyin és a hatalom bírálójává vált Nyemcov megölésében.
Az orosz elnök a belügyi állománygyűlésen kijelentette, hogy Oroszországban egészében véve gyökeres fordulatra van szükség a bűncselekmények felderítési eredményességének növelése érdekében. Putyin egyúttal a szélsőséges mozgalmak akcióinak megakadályozására szólította fel a belügyi dolgozókat. Azt mondta, hogy „rögtön reagálni kell a szélsőségesek készülődő akcióiról beérkező bármilyen jelzésekre, és megelőző munkát kell végezni, különösen a fiatalok körében”. Az államfő szerint komoly aggodalomra ad okot, hogy tavaly Oroszországban 15 százalékkal nőtt a „szélsőséges cselekmények” száma.
Az orosz elnök szavai szerint a szélsőségesek „harcos nacionalizmussal, türelmetlenséggel és erőszakkal mérgezik a társadalmat”. Hozzátette: „a szomszédos Ukrajna példájából jól tudjuk, hogy mindez hova vezet”. Putyin azt mondta, hogy a szélsőséges mozgalmak „egyre kifinomultabb” módszerekkel élnek a „törvénytelen utcai megmozdulások szervezésétől kezdve a gyűlölet és az ellenségeskedés internetes közösségi oldalakon való nyílt terjesztéséig”. Úgy vélte, hogy a szélsőségesek az orosz állam alkotmányos alapjait, szuverenitását veszélyeztetik. A Kreml államcsínynek tartja a tavaly februári ukrajnai hatalomváltást, amelyet szerinte a szélsőséges, fasisztoid, radikálisan nacionalista erők segítették elő. Moszkvai értékelés szerint emiatt csatlakozott a Krím félsziget Oroszországhoz, emiatt tört ki a Kijevvel szembeni ellenállás Délkelet-Ukrajnában.