Egyelőre nem zárja ki Edmund Stoiber korábbi CSU-s bajor miniszterelnök, hogy pártja saját kancellárjelöltet állítson a 2017-es szövetségi választáson. A Spiegel azon kérdésére, hogy a választáson a CDU elnöke, Angela Merkel automatikusan a CSU kancellárjelöltje is lesz-e, Stoiber úgy válaszolt: „Ezt a kérdést most még nem tudom megválaszolni. Addig még tartalmilag is van tennivalónk.” Mivel a menekültpolitika kérdésében lényeges nézetkülönbség van a CDU és a bajor CSU között, így egyelőre nem zárta ki egy önálló CSU-s kancellárjelölt indítását sem a politikus.
A kancellár menekültpolitikáját élesen kritizálta a volt bajor miniszterelnök. Stoiber szerint Merkel nem figyel oda az emberek félelmeire és aggodalmaira, a „wir schaffen das” („megcsináljuk”) jelmondat pedig nem sokat ér, mivel nem jelent semmi konkrétat – fejtette ki.
A közvélemény-kutatások azt mutatják, hogy időközben Horst Seehofer bajor miniszterelnök képviseli a többségi véleményt, nem pedig Angela Merkel – tette hozzá Stoiber. Szerinte legkésőbb a würzburgi és ansbachi támadások után egyértelművé kellett volna válnia, hogy az ellenőrizetlen bevándorlás biztonsági problémát jelent.
Stoiber a megosztottságért közvetve az EU-t is felelőssé tette, mondván, a „humanitárius imperatívusz” politikájával nem lehet közös irányt kialakítani Európában.