A 7. cikkel párhuzamosan az Európai Bizottság alkalmazni kezdte Magyarországgal szemben a közbeszédben csak „jogállamisági kondicionalitási” rendeletként emlegetett, egyébként hivatalos nevén az „uniós költségvetés védelmét szolgáló általános feltételrendszerről” szóló rendeletet. A rendelet az Unió legújabb, jogállamisági kérdéskörhöz kapcsolódó eszköze, amelyet az Unió többéves költségvetéséről szóló 2020-as tárgyalások során sikerült az uniós döntéshozatalon áterőltetni több tagállam, köztük az ilyen típusú eljárások egyértelmű „veszélyzónájában” található Magyarország és Lengyelország fenntartásai ellenére. A mechanizmus Magyarországgal szembeni elindítását Ursula von der Leyen bizottsági elnök két nappal a magyar országgyűlési választásokat követően, 2022. április 5-én jelentette be.
A rendelet lehetővé teszi, hogy a Bizottság kezdeményezésére a Tanács intézkedéseket hozzon abban az esetben, ha megállapítást nyer, hogy „a jogállamiság elveinek valamely tagállamban történő megsértése kellően közvetlenül érinti az uniós költségvetéssel való hatékony és eredményes pénzgazdálkodást vagy az Unió pénzügyi érdekeinek védelmét, vagy ennek a kockázata komolyan fennáll.” A rendelet keretében a Bizottság aggályokat fogalmazhat meg egy adott tagállam tekintetében és kérheti a tagállamot az általa problémásnak vélt kérdések orvoslására. Ha a Bizottság és a tagállam nem tud megállapodni a felvetett ügyekben, a Bizottság a rendelet alapján intézkedésekre tehet javaslatot, amelyet a Tanács elé terjeszt. A Tanács minősített többséggel dönt a Bizottság intézkedési javaslatairól, azokat, elfogadhatja, elutasíthatja vagy módosíthatja. A Tanácsban a minősített többséghez két feltételnek kell egyszerre teljesülnie. A tagállamok 55 százaléka (vagyis a gyakorlatban a 27 tagállamból 15 tagállam) kell, hogy azonos módon szavazzon, és a javaslatot támogató tagállamok az EU teljes népességének legalább 65 százalékát kell, hogy képviseljék.
Magyarország és a Bizottság között ennek az eljárásnak a keretein belül zajlottak 2022 második felében intenzív tárgyalások. Az eljárás során a Bizottság és Magyarország is arról számolt be, hogy sikerült 17 pontos magyar intézkedési csomagban megállapodni, amely elviekben megfelelően képes orvosolni a Bizottság aggályait. A Bizottság 2022. szeptember 18-i közleményében jelentette be, hogy „a végrehajtás kulcsfontosságú lépéseinek megtételéig” többek között javasolja a Tanácsnak a kötelezettségvállalások 65 százalékának felfüggesztését három, a kohéziós politika keretébe tartozó operatív program esetében. Magyarország vállalta, hogy november 19-ig mindenre kiterjedő tájékoztatást nyújt a Bizottságnak a végrehajtás kulcsfontosságú lépéseinek megtételéről, amelyet teljesített is. Didier Reynders uniós biztos 2022. november 21-i európai parlamenti felszólalásában tájékoztatott, hogy a Bizottság jelenleg a beszámoló kiértékelésén dolgozik. Ezt követően értékeléséről tájékoztatja a Tanácsot, ezzel együtt rá bízva a helyzet végső megítélését. A Tanács gazdasági és pénzügyekkel foglalkozó formációja (ECOFIN) 2022. november 21-én közzétett előzetes napirend-tervezete alapján a 2022. december 6-i ülés keretében szavazhatnak az intézkedésekről.
A kondicionalitási eljárással párhuzamosan egy másik tárgyalás is zajlik a Bizottság és Magyarország között, amely a koronavírus válság utáni gazdasági helyreállítást célzó alapból Magyarország számára járó 5,8 milliárd eurós támogatás folyósítása körül zajlik, amelyet az Európai Unió a tagállamok által közösen felvett kölcsönből finanszíroz. Fontos megjegyezni, hogy ebben az esetben nem formális eljárásról, hanem politikai tárgyalásról van szó. A Bizottság előzetes politikai feltételekhez köti ugyanis a magyar helyreállítási terv jóváhagyását, amely szükséges ahhoz, hogy Magyarország megkapja az említett forrásokat. Bár a tárgyalás 2021 óta zajlik, időközben a Bizottság többé kevésbé informálisan a kondicionalitási eljárás kimenetelével is összekapcsolta a helyreállítási alapról való megegyezést. Bár a tárgyalások nem zárultak le, pozitív jelként értelmezhető, hogy a fent említett december 6-i ülés napirend-tervezetében a RRF-fel kapcsolatban is szavazást tűztek ki.
Magyarországon kívül Lengyelország sem kapta még a helyreállítási alapból járó uniós forrásokat. A lengyelek annyival tartanak előrébb, hogy az orosz–ukrán háborúval kapcsolatos szerepvállalásuk kontextusában a Bizottság elnöke jóváhagyta a helyreállítási tervüket. Ezt követően azonban a Bizottság belső politikai nyomásra visszakozva még nem folyósította a kérdéses forrásokat Lengyelország számára.