Miközben az ilyen módon mért tudományos teljesítményt mindenki elismeri, komoly kritikák érik az észt egyetemeket, hogy azoknak érdemi kapcsolata nincs az őket körülvevő világgal, nagyon kevés cég, önkormányzat vagy helyi közösség profitál abból, amit egyetemek csinálnak. És itt válik élesen ketté az a gondolkodásmód, ami az egyetemek és azok funkciójának megítélését jellemzi.
Az egyik irány a hagyományos akadémikus keretek között képzeli el a felsőoktatást, aminek még a láthatóan megnövekedett hallgatói létszámok mellett is elsősorban a klasszikus tudományos teljesítmények (publikációk, nagy elméleti kutatások) mentén kell működnie, és a teljesítményt is ilyen indikátorokkal (impakt faktorok, közlések, konferenciák száma) kell mérni. Ez a klasszikus tudományegyetemek koncepciója, melyek igazodási pontjait a tudományos közélet jelenti elsősorban.
Ehhez képest a másik irányzat sokkal inkább egy társadalmi beágyazottságot vár el az egyetemektől, melyek valódi problémákra keresnek érdemi válaszokat. Ebben a felfogásban az egyetem egy kreatív műhely, ahova az ország legjobbjai özönlenek, hogy közösen dolgozzanak élő problémákon, amiket aztán közvetlenül hasznosíthatnak cégek, önkormányzatok vagy éppen maga a kormányzat. Ez lenne az alkalmazott tudományok egyetemének koncepciója, ami azonban nem osztja a tudományterületeket hasznos és haszontalan tudományokra, hanem mindegyiktől azt várja el, hogy bármilyen szinten is művelik a tudományt, az legyen képes megérkezni a hétköznapi gyakorlatba.”