Fischer párton belüli felemelkedése egyébként az újraegyesítés időszakában vett nagy lendületet. A két Németország összeolvadása borítékolható fenyegetést jelentett a Zöldek szövetségi pozícióira, elvégre
az új tartományokban semmilyen gyökerekkel nem rendelkezett a párt.
A német történelem e felemelő pillanata ráadásul el is vonta a figyelmet a Zöldek témáiról, amit az 1990-es, immár össznémet választás előtt még egy elhibázott kampánnyal is sikerült tetézni – így fordulhatott elő, hogy a következő törvényhozási ciklust a párt a Bundestagon kívülről volt kénytelen végigkövetni. Fischer viszont 1991-ben meg tudta erősíteni magát miniszteri tisztségében, ami a párton belüli pozíciójára is jótékony hatással volt.
A Zöldek keleti áttörését nem nevezhetjük igazán sikeresnek. Az 1990-es választáson aránylag jó pozíciókat szerzett a keletnémet polgárjogi mozgalomból kinőtt Szövetség 90 (Bündnis 90) nevű mozgalom, amely három évvel később egyesült a Zöldekkel. Az összeolvadás rengeteg vitával járt, mert a keletiek úgy érezték, hogy a nyugatiak háttérbe akarják szorítani őket. Az egyesülés után egy évvel rendezett keleti tartományi választáson a frissen egyesült párt a szász-anhalti kivételével az összes parlamentből kiesett, a mélyrepülés egészen a kétezres évek közepéig tartott. Ezért is jelképes, hogy a párt idei kancellárjelöltjét a kelet-németországi brandenburgi szervezet adja; igaz, Annalena Baerbock a berlini fal túloldalán, Hannoverben született.
Az 1994-es és az 1998-as szövetségi parlamenti választás gyenge eredményeket hozott, de részben a becsatornázott kelet-németországi szavazatoknak köszönhetően a párt vissza tudta küzdeni magát a Bundestagba. Az 1998-as választás viszont minden szempontból cezúrát jelentett a Szövetség 90 – Zöldek történetében: habár rosszabbul szerepelt ezen a voksoláson, mint a négy évvel azelőttin, a CDU bukásával megnyílt az út a szociáldemokraták előtt, akiknek viszont koalíciós partnerre volt szükségük.