Az Egyezmény veszélyezteti a génmódosítás-mentes mezőgazdaság hazánk Alaptörvényébe foglalt elvének megvalósítását. A CETA szövege alapján a kereskedelmi érdekek felülírhatnák az egészségvédelmi szabályokat, és veszélybe kerülne az elővigyázatosság elve. Az egyezmény továbbá felszámolhatja a zéró toleranciát is, ami lényegében a GMO-szennyezés legalizálását jelentené.
Az Egyezmény antidemokratikus vitarendezési eljárást tartalmaz, a multinacionális cégek különleges jogokat kaphatnak a demokratikusan választott kormányokkal szemben. A befektetési bírósági rendszerben (ICS) a kormányok szabályozáshoz való joga rosszul definiált; az által, hogy a szöveg bevezeti a befektetők jogos elvárásának fogalmát, szélesre tárja a kaput a cégek indokolatlan pereskedése előtt. Az ilyen ügyekben a döntő bírák perenként fizetett személyek, így akkor sem függetlenek, ha állandó bíráknak nevezik őket. Ráadásul az ICS az európai és hazai joggal is ellentétes, mivel diszkriminatív módon különleges jogokkal ruházza föl a Kanadában bejegyzett cégeket az európai uniós cégekkel szemben, valamint kivezeti a bírósági eljárásokat az európai jogrendszerből, ezzel magasabb joghatóságot adva a döntőbíróknak az Európai Bíróságnál.
A helyzetet súlyosbítja, hogy az Európai Bizottság javasolja az Egyezmény ideiglenes hatálybaléptetését, még a tagállami ratifikálási folyamat lezárulta előtt. Ennek következtében előállhat egy olyan helyzet, hogy a CETA alapján a kanadai cégek három éven belül akkor is beperelhetnek egyes európai kormányokat - akár hazánkat is -, ha esetleg a végén egy tagállam vétója miatt mégsem lépne hatályba az egyezmény.